מחלקת ההנדסה בתאגיד אחראית על אספקת מים סדירה, אמינה ובטוחה, בשעות שיגרה ובשעות חירום, וכל זאת, כמובן, באיכות הטובה והראויה הנדרשת על פי חוק.
המחלקה גם אחראית על סילוק וטיהור כל שפכי היישובים אל מחוצה להם, אל מכוני טיהור השפכים.
המחלקה אחראית גם על הקמת תשתיות מים וביוב חדשות, שדרוג תשתיות קיימות, הכל על פי תוכניות האב היישוביות למים ולביוב, שמבוצעות במסגרת תכנית ההשקעות של התאגיד. בפרויקטים אלו, משלבת המחלקה יישום טכנולוגיות מתקדמות בנושאים שונים לשיפור וייעול התהליכים.
המחלקה אחראית גם על נטור שפכים תעשייתיים ואיכות המים לפי תוכניות מאושרות ע"י משרד הבריאות ורשות המים, וכן על מתן שירותים הנדסיים לצרכנים בתחומים שונים, ובהם: בדיקת תוכניות בנייה לצורך מתן אישור בניה על ידי הועדה המקומית לתכנון, טופס 4, אגרות והיטלי הקמה, חיבורי בתים לתשתיות מים וביוב, ועוד.
להצלחתה במשימות חשובות אלו, פועלת מחלקת ההנדסה בתפעול ותחזוקה שוטפת, 24 שעות ביממה, במשך כל ימות השנה, בכל מערכות התשתית ההנדסיות של התאגיד.